@phdthesis{UNY79307,
           month = {September},
           title = {Identifikasi Variasi Genetik Berdasarkan Gen D-Loop pada Rusa Timor (Rusa timorensis) dari Jawa Timur dan Bali},
          author = {M. Hafizhul Iman and Paramita Cahyaningrum Kuswandi},
          school = {Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam},
            year = {2022},
        abstract = {Saat ini, populasi rusa timor (Rusa timorensis) dilaporkan cenderung mengalami penurunan, menurunnya populasi rusa timor diakibatkan oleh perburuan liar dan perusakan habitat. Di sisi lain, rusa timor (Rusa timorensis) memiliki potensi yang besar sebagai alternatif sumber protein hewani dan sumber daya genetik di Indonesia. Rusa dimanfaatkan dagingnya sebagai sumber pangan telah banyak dilakukan di berbagai daerah persebaran rusa, Namun sayangnya untuk memenuhi kebutuhan tersebut masyarakat pada umumnya hanya mengandalkan dari hasil berburu dan mengambil dari alam. Maka dari itu, dibutuhkan manajemen konservasi yang tepat untuk menjaga kelestarian rusa timor di habitatnya. Manajemen konservasi yang efektif dapat diupayakan dengan mempelajari latar belakang genetik spesies yang terancam. Penelitian ini dilakukan untuk berkontribusi terhadap penentuan manajemen konservasi yang komprehensif.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat variasi genetik D-Loop mtDNA pada populasi rusa timor (Rusa timorensis) di kawasan Taman Nasional Bali Barat, Baluran, dan Alas Purwo. Analisis variasi genetik D-Loop (displacment loop) DNA mitokondria ini dilakukan menggunakan sampel noninvasif berupa feses yang diperoleh dari kawasan Taman Nasional Bali Barat, Baluran, dan Alas Purwo. Sebanyak 20 sampel berhasil diekstraksi dan diamplifikasi dengan proses PCR. Sebanyak {$\pm$}1200 bp berhasil dibaca menggunakan mesin sanger sequencer. Namun hanya 769 bp yang berhasil dibaca jelas dan disejajarkan menggunakan software BioEdit versi 7.2.5 kemudian digunakan untuk proses analisis. Analisis keragaman nukleotida ({\ensuremath{\pi}}), kergaman haplotipe (Hd) menggunakan software DnaSP versi 6.12.03, dan rekonstruksi pohon filogeografi dan estimasi jarak genetik dilakukan menggunakan software MEGA-X versi 10.2.5. Dari 20 sampel yang dianalisis, haplotipe yang berhasil ditemukan sebanyak 11 haplotip dan terdapat 30 situs polimorfisme.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa variasi genetik D-Loop mtDNA pada populasi rusa timor (Rusa timorensis) di kawasan Taman Nasional Bali Barat, Baluran, dan Alas Purwo masih tergolong tinggi dengan nilai keragaman haplotip (Hd) sebesar 0.88421 dan keragaman nukleotida ({\ensuremath{\pi}}) sebesar 0.00588. Keragaman haplotip (Hd) tertinggi ditemukan di kawasan Taman Nasional Alas Purwo dengan Hd = 0.83333, sedangkan keragaman nukleotida tertinggi ditemukan di kawasan Taman Nasional Baluran dengan {\ensuremath{\pi}} = 0.00950. Hal tersebut mengindikasikan bahwa keragaman genetik masih cukup tinggi dan adanya aliran gen.},
        keywords = {D-loop, rusa timor, Taman Nasional Bali Barat, Baluran, dan Alas Purwo.},
             url = {http://eprints.uny.ac.id/79307/}
}